Rawat Inap RS PKU Muhammadiyah Pamotan memiliki total 71 Tempat Tidur (TT) yang terbagi menjadi beberapa ruang perawatan yaitu Ruang Perawatan Dewasa, Ruang Perawatan Anak, Ruang Perawatan Kebidanan, Ruang Perawatan Intensive dan Ruang Isolasi.

Ruang Rawat Inap dilengkapi dengan fasilitas kesehatan dan kenyamanan yang memadai untuk memastikan perawatan yang optimal bagi setiap pasien. Suasana Ruangan yang luas, terang serta kebersihan yang selalu terjaga dengan baik agar mendukung pemulihan yang cepat dan nyaman bagi pasien. RS PKU Muhammadiyah Pamotan memiliki beberapa kelas rawat inap, diantaranya adalah sebagai berikut :