Instalasi Bedah Sentral (IBS) merupakan salah satu dari sistem pelayanan kesehatan di Rumah Sakit guna memberikan pelayanan kepada pasien yang memerlukan tindakan bedah/ operasi, baik untuk kasus-kasus bedah terencana (elektif) maupun untuk kasus-kasus bedah darurat (emergency). RS PKU Muhammadiyah Memiliki 3 Ruang OK (Operatie Kamer) dengan beberapa fasilitas diantaranya :

• Pintu kamar operasi HERMETIC dengan rel diatas yang dapat dibuka secara otomatis dengan sensor dan saklar injakan, Dinding Moduler Operating Theater (MOT) dengan lantai berlapis Vinyl antiseptic, Display suhu dan kelembaban ruangan.
• Sistem ventilasi menggunakan AC Hepafilter

• Mesin anestesi ( Mindray Wato ex-65 ) dengan teknologi terbaru
• Lampu operasi LED 2 lengan Elektrocauter
• Bed site monitor