Berikut merupakan Daftar Layanan Poliklinik Spesialis yang tersedia di RS PKU Muhammadiyah Pamotan :

1. Poliklinik Mata
2. Poliklinik Penyakit Dalam
3. Poliklinik Orthopedi / Tulang
4. Poliklinik Anak
5. Poliklinik Umum
6. Poliklinik Obgyn / Kandungan
7. Poliklinik Bedah
8. Poliklinik Saraf
9. Poliklinik Jantung dan Pembuluh Darah
10. Poli Gigi Umum
11. Poliklinik Penunjang : Anestesi, Radiologi dan Laboratorium